Ein ehrenamtlicher Vorstand leitet die Münchner Sportjugend. Die sogenannte Kreisjugendleitung wird im Turnus von vier Jahren von den Delegierten der Münchner Sportvereine und Fachverbände am Kreisjugendtag gewählt. Auf dem letzten Kreisjugendtag im November 2023 haben die Vertreter*innen der Vereine mit Jugendarbeit acht Vorstandsmitglieder gewählt. Vorsitzender des paritätisch besetzten Gremiums bleibt Dominik Friedrich vom DJK SB München. Der Altersdurchschnitt des Vorstands lag bei der Wahl bei rund 25 Jahren.
Satzungsgemäß vervollständigt die Schatzmeisterin des BLSV-Bezirks München-Stadt den Vorstand.
Neben dem ehrenamtlichen Vorstand, besteht die MSJ noch aus ehrenamtlichen MSJ-Botschafter*innen, welche die Inhalte des größten Jugendverbands München als Multiplikator*innen in Vereine, Politik und Öffentlichkeit tragen.
Unterstützt wird das Ehrenamt durch ein 9-köpfiges Geschäftsstellen-Team (u.a. in Teilzeit). Die Leitung unserer Homebase, wie wir sie liebevoll nennen, erfolgt durch Hans Radspieler.